필라테스를 처음 시작하면 복부에 힘을 주는 것과 숨을 쉬는 일을 동시에 하기 어렵다고 느끼기 쉽다. 이때 숨을 오래 참으면 목과 어깨가 긴장하고 동작의 리듬도 무너질 수 있다. 초보자는 코로 편안히 들이마시고 입으로 길게 내쉬면서 갈비뼈가 옆과 뒤로 넓어졌다가 돌아오는 감각부터 익히는 것이 좋다.
호흡은 정답을 맞히는 시험이 아니다. 동작의 힘든 구간에서 숨을 내쉬되, 어지럽거나 답답하면 즉시 강도를 낮추고 자연스럽게 호흡해야 한다. 수업 전 코막힘이나 호흡기 질환이 있다면 지도자에게 알리는 것도 필요하다. 안정된 호흡은 동작을 서두르지 않게 하고 몸의 긴장을 살피는 기준이 된다.